Tuyên bố miễn trừ trách nhiệm: Trang web này được cập nhật thường xuyên. Một số nội dung có thể còn bằng tiếng Anh cho đến khi được dịch hết.

Phân loại và định nghĩa biến thể SARS-CoV-2

Phân loại và định nghĩa biến thể SARS-CoV-2
Cập nhật ngày 24 tháng 3 năm 2021
In

Các điểm chính:

  • Các biến thể gen của SARS-CoV-2 vẫn đang xuất hiện và lây truyền khắp nơi trên thế giới qua trong suốt thời gian diễn ra đại dịch COVID-19.
  • Các biến thể và đột biến vi-rút tại Hoa Kỳ được giám sát thường xuyên qua các nghiên cứu tại phòng thí nghiệm, giám sát dựa trên chuỗi gien và điều tra dịch tễ học
  • Nhóm liên ngành của chính phủ Hoa Kỳ đã phát triển chương trình Phân loại biến thể xác định ba lớp của biến thể SARS-CoV-2:
  • Các biến thể B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.427 và B.1.429 đang lây truyền tại Hoa Kỳ được phân loại là các biến thể gây lo ngại

Vi-rút liên tục biến đổi thông qua đột biến. Một biến thể có một hoặc nhiều đột biến tách biệt với các biến thể khác đang lây truyền. Như dự kiến, nhiều biến thể SARS-CoV-2 đã được ghi nhận tại Hoa Kỳtrên toàn cầu trong suốt thời gian diễn ra đại dịch. Để cung cấp thông tin cho các cuộc điều tra bùng phát dịch tại địa phương và hiểu rõ các xu hướng trên toàn quốc, các nhà khoa học so sánh sự khác biệt về gien giữa các vi-rút để xác định các biến thể và cách chúng liên quan với nhau.

Phân loại các biến thể

Bộ Y Tế và Dịch Vụ Nhân Sinh (HHS) đã thiết lập nhóm liên ngành về SARS-CoV-2 (SIG) để cải thiện công tác điều phối giữa các Trung tâm kiểm soát và phòng ngừa dịch bệnh (CDC) của Hoa Kỳ, Viện Y Tế quốc gia (NIH), Cơ quan quản lý thực phẩm và dược phẩm (FDA) Hoa Kỳ, Cơ quan nghiên cứu và phát triển y sinh nâng cao (BARDA) và Bộ Quốc Phòng (DoD). Nhóm công tác liên ngành này tập trong vào việc nhanh chóng tìm ra đặc tính của các biến thể mới xuất hiện và chủ động theo dõi tác động có thể có của chúng đối với các biện pháp ứng phó quan trọng đối với SARS-CoV-2, bao gồm vắc-xin, chẩn đoán và trị liệu.

Cùng phối hợp với SIG, CDC đã thiết lập chương trình phân loại các biến thể của SARS-CoV-2. Những phân loại này bao gồm định nghĩa và các thuộc tính của các biến thể. Các hành động về y tế công cộng cũng được mô tả trong các phần bên dưới.

Lưu ý: Mỗi lớp biến thể bao gồm các thuộc tính có thể có của các lớp thấp hơn; trạng thái của biến thể có thể tăng hoặc giảm dựa vào các bằng chứng khoa học. Trang này sẽ được cập nhật khi cần để hiển thị các biến thể thuộc mỗi lớp. Tổ Chức Y Tế Thế Giới (WHO) cũng phân loại vi-rút biến thể là Biến thể đáng lo ngại và Biến thể đáng quan tâm; Các phân loại của Hoa Kỳ có thể khác so với phân loại của WHO vì tầm quan trọng của các biến thể có thể khác theo theo địa điểm.

Xem Tỉ lệ biến thể tại Hoa Kỳ

Biến thể đáng quan tâm

Biến thể với các chỉ dấu gien cụ thể đã được liên kết với những thay đổi với liên kết thụ thể, giảm trung hòa bởi các kháng thể được tạo ra để chống lại tình trạng lây nhiễm hoặc tiêm chủng trước đó, giảm hiệu quả của các biện pháp điều trị, tác động chẩn đoán tiềm tàng, hoặc gia tăng dự đoán về khả năng lây truyền hoặc độ nghiêm trọng của bệnh.

Các thuộc tính có thể có của biến thể đáng quan tâm:

  • Các chỉ dấu gen cụ thể được dự đoán gây ảnh hưởng tới việc lây truyền, chẩn đoán, trị liệu hoặc thoát khỏi miễn dịch.
  • Bằng chứng thể hiện đó là nguyên nhân của tỉ lệ ca bệnh tăng hoặc các cụm ổ dịch riêng.
  • Tỉ lệ phổ biến hoặc mở rộng hạn chế tại Hoa Kỳ và các quốc gia khác

Biến thể đáng quan tâm có thể cần có một hoặc nhiều hành động thích hợp về y tế công cộng, bao gồm việc giám sát chuỗi nâng cao, đặc tính hóa tại phòng thí nghiệm nâng cao hoặc điều tra dịch tễ học để đánh giá mức độ lây lan dễ dàng của vi-rút sang người khác, độ nghiêm trọng của bệnh, nguy cơ tái lây nhiễm và liệu vắc-xin được cho phép sử dụng hiện tại có tác dụng bảo vệ không.

Các biến thể đáng quan tâm hiện tại ở Hoa Kỳ đang được theo dõi và đặc tính hóa được liệt kê trong bảng bên dưới. Bảng này sẽ được cập nhật khi xác định được một biến thể đáng quan tâm mới.

Một số đặc điểm ở các biến thể đáng lo ngại của SARS-CoV-2
Tên
(
Dòng Pango) 
Thay thế Tên
(Nextstraina)
Phát hiện lần đầu Cô lập tham chiếu BEIb

Thuộc tính dự đoán

B.1.526 Gai: (L5F*), T95I, D253G, (S477N*), (E484K*), D614G, (A701V*)
ORF1a: L3201P, T265I, Δ3675/3677
ORF1b: P314L, Q1011H
ORF3a: P42L, Q57H
ORF8: T11I
5’UTR: R81C
20C New York/Tháng 11 2020
  • Khả năng giảm trung hòa bằng biện pháp điều trị kháng thể đơn dòng
  • Khả năng giảm trung hòa bằng huyết thanh trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng
B.1.525 Gai: A67V, Δ69/70, Δ144, E484K, D614G, Q677H, F888L
ORF1b: P314F
ORF1a: T2007I
M: I82T
N: A12G, T205I
5’UTR: R81C
20C New York/Tháng 12 2020
  • Khả năng giảm trung hòa bằng biện pháp điều trị kháng thể đơn dòng
  • Khả năng giảm trung hòa bằng huyết thanh trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng
P.2 Gai: E484K, D614G, V1176F
ORF1a: L3468V, L3930F
ORF1b: P314L
N: A119S, R203K, G204R, M234I
5’UTR: R81C
20J Brazil/Tháng 4 2020
  • Khả năng giảm trung hòa bằng biện pháp điều trị kháng thể đơn dòng
  • Khả năng giảm trung hòa bằng huyết thanh trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng

 

(*)=được phát hiện trong một số chuỗi gen nhưng không phải tất cả
a – Nextstrainexternal icon
b - Nguồn thông tin nghiên cứu các bệnh truyền nhiễm mới xuất hiện và phòng thủ sinh học (Tài nguyên BEI) là kho trữ do NIAID tài trợ để cung cấp thuốc thử, công cụ và thông tin cho cộng đồng nghiên cứu. Các vi-rút tham chiếu được đề xuất ở đây hỗ trợ việc điều hòa thông tin giữa các bên liên quan trong cộng đồng nghiên cứu đại dịch COVID-19. Vui lòng lưu ý rằng các vi-rút tham chiếu được cung cấp trong các bảng bên dưới dựa vào những gì hiện có qua tài nguyên BEI.

 Những biến thể này có chung một đột biến riêng gọi là D614G. Đây là một trong những đột biến đầu tiên được ghi nhận ở Hoa Kỳ trong những giai đoạn đầu đại dịch, sau thời gian đầu lưu hành tại châu Âu[13]. Có bằng chứng cho thấy các biến thể có đột biến này lây lan nhanh hơn các vi-rút không có đột biến này [12external icon].

Biến thể đáng lo ngại

Biến thể theo đó có bằng chứng gia tăng khả năng lây truyền, bệnh nghiêm trọng hơn (tăng tỉ lệ nhập viện hoặc tử vong), giảm đáng kể khả năng bị trung hòa bởi các kháng thể tạo ra trong lần tiêm chủng hoặc lây nhiễm trước đó, giảm hiệu quả các biện pháp điều trị hoặc vắc-xin, hoặc không phát hiện được khi chẩn đoán .

Các thuộc tính có thể có của biến thể đáng lo ngại:

Bên cạnh các thuộc tính có thể có của biến thể đáng quan tâm

  • Bằng chứng cho thấy có tác động tới việc chẩn đoán, điều trị và vắc-xin
    • Nhiễu loạn lan rộng mục tiêu xét nghiệm chẩn đoán
    • Bằng chứng cho thấy có khả năng chống lại gia tăng đáng kể đối với một hoặc nhiều loại trị liệu
    • Bằng chứng cho thấy giảm đáng kể khả năng bị trung hòa bởi các kháng thể tạo ra trong lần tiêm chủng hoặc lây nhiễm bệnh trước đó.
    • Bằng chứng cho thấy giảm khả năng bảo vệ nhờ vắc-xin chống lại bệnh nghiêm trọng
  • Bằng chứng cho thấy khả năng lây truyền tăng
  • Băng chứng cho thấy tăng tính chất nghiêm trọng của bệnh

Các biến thể đáng lo ngại có thể cần một hoặc nhiều hành động về y tế công cộng như thông báo cho WHO theo các Quy định y tế quốc tế, báo cáo với CDC, các nỗ lực tại địa phương hoặc khu vực để kiểm soát lây lan, tăng cường xét nghiệm hoặc nghiên cứu để xác định tính hiệu quả của vắc-xin và các biện pháp điều trị chống lại biến thể đó. Dựa vào các đặc tính của biến thể, những cân nhắc bổ sung có thể bao gồm phát triển các chẩn đoán mới hoặc điều chỉnh vắc-xin hoặc biện pháp điều trị.

Các biến thể đáng lo ngại hiện tại ở Hoa Kỳ đang được giám sát chặt chẽ và ghi lại các đặc tính bởi các cơ quan liên bang được bao gồm trong bảng bên dưới. Bảng này sẽ được cập nhật khi xác định được một biến thể đáng lo ngại mới.

Một số đặc điểm ở các biến thể đáng lo ngại của SARS-CoV-2
Tên
(Dòng Pango)
Thay thế protein gai

Tên
(Nextstraina)

Phát hiện lần đầu Cô lập tham chiếu BEIb

Các thuộc tính đã biết

B.1.1.7 Δ69/70
Δ144Y
(E484K*)
(S494P*)
N501Y
A570D
D614G
P681H
20I/501Y.V1 Vương Quốc Anh NR-54000external icon
  • ~Lây truyền tăng 50% 5
  • Tính chất nghiêm trọng có thể tăng dựa vào tỉ lệ nhập viện và tử vong 6
  • Tác động tối thiểu về khả năng trung hòa bởi trị liệu kháng thể đơn dòng EUA 7,14
  • Tác động tối thiểu tới khả năng trung hòa bằng huyết thanh trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng 8,9,10,11,12,13,19

 

P.1 K417N/T
E484K
N501Y
D614G
20J/501Y.V3 Nhật Bản/
Bra-xin
NR-54982external icon
  • Tác động vừa phải về khả năng trung hòa bởi trị liệu kháng thể đơn dòng EUA 7,14
  • Khả năng trung hòa bằng huyết thanh giảm trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng 15
B.1.351 K417N
E484K
N501Y
D614G
20H/501.V2 Nam Phi NR-54009external icon
  • ~Lây truyền tăng 50% 16
  •  Tác động vừa phải về khả năng trung hòa bởi trị liệu kháng thể đơn dòng EUA7,14
  • Giảm vừa phải về khả năng trung hòa bằng huyết thanh trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng 8,12,18,19,20
B.1.427 L452R
D614G
20C/S:452R Hoa Kỳ-California
  • ~Khả năng lây truyền tăng 20% 21
  • Tác động đáng kể đến khả năng trung hòa bởi một số, nhưng không phải là tất cả, biện pháp trị liệu EUA
  • Giảm đáng kể về khả năng trung hòa bằng huyết thanh trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng21
B.1.429 S13I
W152C
L452R
D614G
20C/S:452R Hoa Kỳ-California
  • ~Khả năng lây truyền tăng 20% 21
  • Tác động đáng kể đến khả năng trung hòa bởi một số, nhưng không phải là tất cả, biện pháp trị liệu EUA
  • Giảm đáng kể về khả năng trung hòa bằng huyết thanh trong thời kỳ dưỡng bệnh và sau tiêm chủng21

(*)=được phát hiện trong một số chuỗi gen nhưng không phải tất cả
a – Nextstrainexternal icon
b - Nguồn thông tin nghiên cứu các bệnh truyền nhiễm mới xuất hiện và phòng thủ sinh học (Tài nguyên BEI) là kho trữ do NIAID tài trợ để cung cấp thuốc thử, công cụ và thông tin cho cộng đồng nghiên cứu. Các vi-rút tham chiếu được đề xuất ở đây hỗ trợ việc điều hòa thông tin giữa các bên liên quan trong cộng đồng nghiên cứu đại dịch COVID-19. Vui lòng lưu ý rằng các vi-rút tham chiếu được cung cấp trong các bảng bên dưới dựa vào những gì hiện có qua tài nguyên BEI.

 Những biến thể này có chung một đột biến riêng gọi là D614G. Đây là một trong những đột biến đầu tiên được ghi nhận ở Hoa Kỳ trong những giai đoạn đầu đại dịch, sau thời gian đầu lưu hành tại châu Âu[13]. Có bằng chứng  cho thấy các biến thể có đột biến này lây lan nhanh hơn các vi-rút không có đột biến này [12external icon].

Biến thể có hậu quả nghiêm trọng

 Biến thể có hậu quả cao có bằng chứng rõ ràng rằng các biện pháp phòng ngừa hoặc biện pháp ứng phó y tế (MCM) đã giảm đáng kể hiệu quả so với các biến thể lưu hành trước đó.

Các thuộc tính có thể có của biến thể có hậu quả nghiêm trọng:

Bên cạnh các thuộc tính có thể có của biến thể đáng lo ngại

  • Tác động đến các biện pháp ứng phó y tế (MCM)
    • Thể hiện lỗi chẩn đoán
    • Bằng chứng cho thấy việc giảm đáng kể hiệu quả của vắc-xin, số ca đột phá vắc-xin cao không tương ứng, hoặc khả năng bảo vệ nhờ vắc-xin chống lại bệnh nghiêm trọng rất thấp
    • Giảm đáng kể tính mẫn cảm của nhiều biện pháp trị liệu đã được phê duyệt hoặc được cấp phép sử dụng khẩn cấp (EUA)
    • Bệnh lâm sàng nghiêm trọng hơn và tăng tỉ lệ nhập viện

A variant of high consequence would require notification to WHO under the International Health Regulations, reporting to CDC, an announcement of strategies to prevent or contain transmission, and recommendations to update treatments and vaccines.

Hiện không có các biến thể SARS-CoV-2 tăng lên mức có hậu quả cao.

Tham Khảo

  1. Zhou, B., Thi Nhu Thao, T., Hoffmann, D. et al.SARS-CoV-2 spike D614G change enhances replication and transmission. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03361-1external icon
  2. Volz E, Hill V, McCrone J, et al. Evaluating the Effects of SARS-CoV-2 Spike Mutation D614G on Transmissibility and Pathogenicity. Cell 2021; 184(64-75). doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020external icon 
  3. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et al. Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. Cell 2021; 182(812-7) doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043external icon
  4. Yurkovetskiy L, Wang X, Pascal KE, et al. Structural and Functional Analysis of the D614G SARS-CoV-2 Spike Protein Variant. Cell 2020; 183(3): 739-751. doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.09.032external icon
  5. Davies NG, Abbott S, Barnard RC, et al. Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. MedRXiv 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.24.20248822external icon
  6. Horby P, Huntley C, Davies N et al. NERVTAG note on B.1.1.7 severity. New & Emerging Threats Advisory Group, Jan. 21, 2021. Truy xuất từ NERVTAG note on variant severityexternal icon
  7. Tờ thông tin về việc cấp phép sử dụng khẩn cấp cho các nhà cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe  (Eua) đối với Bamlanivimab và Etesevimab 02092021 (fda.gov)external icon
  8. Wang P, Nair MS, Liu L, et al. Antibody Resistance of SARS-CoV-2 Variants B.1.351 and B.1.1.7. BioXRiv 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.25.428137external icon
  9. Shen X, Tang H, McDanal C, et al. SARS-CoV-2 variant B.1.1.7 is susceptible to neutralizing antibodies elicited by ancestral Spike vaccines. BioRxiv 2021.  doi:  https://doi.org/10.1101/2021.01.27.428516external icon
  10. Edara VV, Floyd K, Lai L, et al. Infection and mRNA-1273 vaccine antibodies neutralize SARS-CoV-2 UK variant. MedRxiv 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.02.21250799external icon
  11. Collier DA, DeMarco A, Ferreira I, et al. SARS-CoV-2 B.1.1.7 sensitivity to mRNA vaccine-elicited, convalescent and monoclonal antibodies. MedRxiv 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.19.21249840external icon
  12. Wu K, Werner AP, Moliva JI, et al. mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. BioRxiv 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.25.427948external icon
  13. Emary KRW, Golubchik T, Aley PK, et al. Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) Vaccine Against SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (B.1.1.7). 2021. The Lancet. doi:  http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.3779160external icon
  14. TỜ THÔNG TIN VỀ VIỆC CẤP PHÉP SỬ DỤNG KHẨN CẤP CHO CÁC NHÀ CUNG CẤP DỊCH VỤ CHĂM SÓC SỨC KHỎE (EUA) ĐỐI VỚI REGEN-COV (fda.gov)external icon
  15. Wang P, Wang M, Yu J, et al. Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization. BioRxiv 2021.  doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.01.433466external icon
  16. Pearson CAB, Russell TW, Davies NG, et al. Estimates of severity and transmissibility of novel South Africa SARS-CoV-2 variant 501Y.V2. Truy xuất từ: pdf (cmmid.github.io)pdf iconexternal icon
  17. Liu Y, Liu J, Xia H, et al. Neutralizing Activity of BNT162b2-Elicited Serum. 2021. NEJM. DOI: 10.1056/NEJMc2102017
  18. Madhi SA, Ballie V, Cutland CL, et al. Safety and efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) Covid-19 vaccine against the B.1.351 variant in South Africa. MedRxiv 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.10.21251247external icon
  19. Novavax COVID-19 Vaccine Demonstrates 89.3% Efficacy in UK Phase 3 Trial | Novavax Inc. – IR Siteexternal icon
  20. Vắc-xin ngừa của COVID-19 Johnson & Johnson được FDA Hoa Kỳ cấp phép cho sử dụng khẩn cấp | Johnson & Johnson (jnj.com)external icon
  21. Deng X, Garcia-Knight MA, Khalid MM, et al. Transmission, infectivity, and antibody neutralization of an emerging SARS-CoV-2 variant in California carrying a L452R spike protein mutation. MedRxiv 2021. doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.07.21252647external icon

**Chưa qua bình duyệt